Por dicha acción, es acusado por los Estados Unidos de haber perpetrado "el mayor asalto informático a un sistema militar de todos los tiempos". Desde junio de 2006 se encuentra defendiéndose de una posible extradición a los Estados Unidos.
McKinnon admite haber realizado las intrusiones de las que se le acusa. Sin embargo, cuestiona el calificativo de terrorista con que se le ha tratado luego de intervenir sistemas militares estadounidenses.
En 2002, fue detenido y confesó haber intervenido en 1997 los sistemas TI de las fuerzas armadas estadounidenses y de NASA. McKinnon explicó que su única intención había sido encontrar información sobre Ovnis y proyectos militares secretos.